5月31日－6月1日，中国和阿拉伯国家联盟合作论坛第二届部长会议在北京召开，国家环保总局局长周生贤代表中华人民共和国政府与阿拉伯国家联盟秘书长穆萨共同签署了《中华人民共和国政府和阿拉伯国家联盟关于环境保护合作联合公报》。

    6月2日，国家环保总局决定，命名江苏省张家港市、常熟市、昆山市、江阴市为国家生态市，上海市闵行区为国家生态区，浙江省安吉县为国家生态县。

    6月4日，2006年世界环境日主题宣传活动在北京举办，国家环保总局副局长祝光耀参加活动并发表讲话，教育部、民政部、中央文明办、全国妇联、北京市政府等有关领导参加了主题活动并致辞。

    同日，由中国环境文化促进会主办的“绿色中国·环保主题服饰展”在北京国宾酒店举行，国家环保总局副局长潘岳参观了服饰展并发表讲话。

    6月5日，中国生态安全高层论坛在北京人民大会堂举行，中共中央政治局委员、国务院副总理曾培炎出席并发表重要讲话，国家环保总局局长周生贤主持了论坛开幕式，国家环保总局副局长吴晓青宣读了环保总局关于授予生态市、优美乡镇称号的决定并发表演讲，全国人大环资委副主任委员叶如棠、国务院副秘书长张平、全国政协人资环委副主任江泽慧、国土资源部副部长贠小苏、水利部副部长周英、国家海洋局副局长陈连增、国务院研究室党组成员宁吉喆等有关领导出席了开幕式，并在开幕式上为首批全国生态市、区、县和部分环境优美乡镇授牌。原全国人大环资委主任委员曲格平、国家林业局副局长祝列克等在论坛上发表演讲。

    同日，国务院新闻办召开新闻发布会，发布《中国的环境保护（1996-2005）》白皮书，国家环保总局副局长祝光耀出席并回答记者的提问。

    6月6日，国家环保总局对外发布《2005年中国环境状况公报》。

    同日，泛珠江三角区域环境保护合作联席会议第三次年度会议在云南昆明召开，国家环保总局副局长吴晓青出席了会议。

    6月8日，2006年中国国际环境保护博览会在大连举行，国家环保总局副局长王玉庆、大连市市长夏德任出席了会议并讲话，大连市有关领导和来自美国、日本、泰国、韩国、欧洲国家等环保企业代表及有关专家出席了会议。

    6月9日，“国家环境友好工程”颁奖大会在北京人民大会堂举行，国家环保总局局长周生贤、副局长潘岳出席会议并讲话，全国人大常委会副委员长傅铁山接见了获奖代表并合影留念，全国政协副主席阿不来提·阿不都热西提、发展改革委副主任张晓强、科技部副部长刘燕华、国土资源部副部长贠小苏、铁道部副部长孙永福、交通部副部长冯正霖、水利部副部长鄂竟平、辽宁省副省长闫丰、湖南省副省长徐宪平、建设部总规划师陈晓丽等领导出席并为获奖代表颁奖。中国石油西气东输管道工程、雅砻江二滩水电站工程、苏州河环境综合整治一期工程等10个建设工程项目荣获首批“国家环境友好工程”称号。中国水电顾问集团成都勘测设计研究院获得环境影响评价优秀奖、广州市地下铁道设计研究院获得环境保护设计优秀奖、美国环球咨询服务公司获得环境监理优秀奖。

    6月14日，国家环保总局发布公告，批准《医疗废物高温蒸汽集中处理工程技术规范（试行）》为国家环境保护行业标准。（2006年第27号公告）

    6月18日，第二届环境与发展中国（国际）论坛“建设环境友好型社会”主题峰会在北京召开，全国人大常委会副委员长顾秀莲、全国政协副主席周铁农、国家环保总局副局长王玉庆出席论坛并讲话。

    同日，河南省环保大会在河南郑州举行，河南省省长李成玉、国家环保总局副局长吴晓青出席并讲话。

    6月24日，国家环保总局颁布《环境信访办法》，于2006年7月1日起执行，原《环境信访办法》同时废止。

    6月25日，中国环境科学学会第六次全国会员代表大会在北京召开，全国政协副主席阿不来提·阿不都热西提、国家环保总局局长周生贤出席会议并发表讲话；中国科协党组书记邓楠、国家环保总局副局长祝光耀、王玉庆、吴晓青等有关领导出席了会议。原全国人大副委员长姜春云在会前接见与会代表。

    6月26日，为贯彻落实《国务院关于落实科学发展观加强环境保护的决定》精神，全面遏制我国地下水污染趋势，国家环境保护总局与国土资源部决定开展《全国地下水污染防治规划》编制工作，发布《关于开展全国地下水污染防治规划编制工作的通知》。

    6月30日，国家环保总局发布公告，公布被撤销的车型目录，自2006年7月1日起，企业不得继续制造、销售被撤销车型的产品，对被撤销车型的新机动车，不再予以注册登记。