9月1日，国家环保总局、监察部联合公布2006年挂牌督办的吉林省长白山精细化工有限公司污染牤牛河案等6起第二批环境违法案件。

    同日，国家环保总局与国家质检总局联合发布《煤炭工业污染物排放标准》（GB 20426-2006）和《皂素工业水污染物排放标准》（GB 20425-2006），分别自2006年10月1日和2007年1月1日起实施。

    9月4日，国家环保总局公布2005年全国城市环境综合整治定量考核结果，同时发布《2005年国家城市环境管理和综合整治年度报告》。考核结果显示，2005年全国城市环境整治总体上取得较好成绩，但空气污染、环境基础设施建设等方面的问题仍相当突出。

    9月5日，国家环保总局局长周生贤在京会见联合国开发计划署驻华代表马和励先生，希望双方通过加强国际合作推动中国环保工作的历史性转变。

    同日， 2006年“绿色中国年度人物”评选在京启动，国家环保总局副局长潘岳出席。为体现“公众参与”和“公共精神”，活动组委会首次向全国征集10名公众评委。

    9月7日，山东生态省建设高层论坛暨第二届绿色产业博览会在济南举行，国家环保总局副局长王玉庆、山东省副省长才利民等出席开幕式。

    同日，国家环保总局和国家统计局在京联合发布《中国绿色国民经济核算研究报告2004》。环保总局副局长潘岳表示，这是中国第一份经环境污染调整的GDP核算研究报告，标志着中国的绿色国民经济核算研究取得了阶段性成果。

    9月8日，国家环保总局局长周生贤在京分别会见亚洲开发银行可持续发展局局长罗哈尼、加拿大驻华大使罗岚和加拿大国际开发署副署长谢孝旌，各方就共同关心的环境问题交换了意见。

    同日，国家环保总局针对一些地区出现突发环境事件信息迟报、漏报、渠道不畅和发布不及时等问题，紧急发布《关于加强突发环境事件应急管理工作的通知》，就信息报告、建立应急预案、信息发布等三个方面提出要求。

    9月11-12日，中俄总理定期会晤委员会环保合作分委会第一次会议在莫斯科举行，环保分委会中方主席国家环保总局局长周生贤和俄方主席俄联邦自然资源环境部部长特鲁特涅夫出席会议。中俄双方就《中俄总理定期会晤委员会环境保护合作分委会条例》进行讨论并达成一致，同意报请在两国总理定期会晤时批准。会后，周生贤局长和特鲁特涅夫部长签署了会议纪要，并回答了中俄记者提问。

    9月11日，国家环保总局副局长吴晓青在京会见新加坡环境与水源部部长雅国一行，双方就进一步开展环保合作达成共识。

    同日，国家环保总局决定开展全国工业危险废物申报登记试点工作及重点行业工业危险废物产生源专项调查。

    9月12日，国家环保总局决定进一步加强环境影响评价管理工作，对环境影响评价机构不负责任、环境影响报告书质量低劣、评价机构管理混乱等问题进行严肃处理。

    9月13日，国家环保总局副局长潘岳在京会见香港民建联代表团一行，双方就大气污染防治、绿色GDP、海洋环境保护等问题进行了深入讨论。

    9月14日，国家环保总局副局祝光耀长在京分别会见德国经济合作和发展部负责对外援助的负责人乌苏拉·舍费尔－普罗伊斯博士和意大利国家电力公司总裁纽迪，各方就共同关心的环境问题进行了交流。

    同日，国家环保总局副局长潘岳向媒体通报：危害群众健康的甘肃省徽县水阳乡群众血铅超标和湖南省岳阳县饮用水源砷超标事件已得到有效控制，事件责任也基本查清，属于典型的当地政府及环保部门严重失职、渎职而造成严重后果的重大环境事件。

    9月15日，应波兰环境部长扬·什史科邀请，中国国家环保总局局长周生贤对波兰开始正式友好访问。周生贤表示，希望中波两国环保部门保持友好往来，增进相互间了解，加强环保合作，共同为实现可持续发展做出努力。

    同日，第十二个“9·16国际臭氧日”纪念大会在长春召开，吉林省省长王珉、副省长李斌、国家环保总局副局长祝光耀等出席。会上，国家环保总局会同联合国开发计划署、联合国环境规划署授予吉林省、海南省、深圳市、武汉市等7个省、市“保护臭氧层示范省（市）”荣誉称号。《蒙特利尔议定书》臭氧秘书处授予国家环保总局保护臭氧特别贡献奖。

    9月16日，第十一届“绿色中国”论坛在京举办，国家环保总局副局长潘岳出席论坛并发表题为《社会主义与生态文明》的主题演讲，社会各界代表300余人参加论坛。

    9月21日，国家环保总局副局长吴晓青在京会见了瑞典驻华大使雍博瑞和瑞典爱克林集团董事长乔纳森一行，双方就绿色包装等环保话题交换了意见。

    9月24日，中国环境报2006年宣传工作会议在京召开，国家环保总局副局长潘岳出席并指出，要通过改革增强中国环境报的影响力，充分发挥舆论引导作用，推进环保工作的历史性转变。

    9月25-26日，由国家环保总局、卫生部共同举办的 “国家环境与健康论坛”在沈阳召开，环保总局副局长吴晓青、卫生部副部长陈啸宏及世界卫生组织代表等出席论坛。

    9月25日，国家环保总局副局长王玉庆在京会见了美国核管制委员会副主席格雷戈里·杰斯克，双方就加强核安全合作交换了意见。

    同日，国家环保总局要求进一步做好规划环境影响评价工作。

    9月26日，国家环保总局、公安部、卫生部联合发布《关于建立放射性同位素与射线装置辐射事故分级处理和报告制度的通知》，将严格控制放射性同位素与射线装置在生产、销售、使用过程中发生辐射事故，减轻事故后果。

    9月28日，国家环保总局局长周生贤在京会见了挪威环境大臣比约恩内于一行，希望双方进一步加强两国在环保领域的全方位合作。

    9月30日，国家环保总局决定加强环境违法案件挂牌督办工作，要求各地环保部门进一步加大环境执法力度，查处重点环境违法案件，解决突出的环境污染问题。

    同日，国家环保总局决定在石化企业集中区域开展环境风险后评价试点工作。