依据生物多样性公约第19条第3款之规定，缔约方大会（COP）根据其决议Ⅱ／5，建立了一个生物安全特设工作组，以完善生物安全议定书草案，并且尤其关注由生物技术改变的活生物体越境转移而对生物多样性的保护和可持续利用可能产生的不利影响。
自1996年7月至1999年2月，该工作组举行了6次会议，最后，工作组提交了议定书的草案文本以及成员国特别关心的问题，供COP为通过生物多样性公约关于生物安全的议定书而召开的特别会议考虑。
根据决议Ⅳ／3，1999年2月22日在哥伦比亚的卡塔赫纳召开了COP第1次特别会议，此次会议未能在规定的会期内完成其工作，根据特别会议决议Ⅰ／1，COP暂停了这此特别会议并同意尽可能在第5次一般性会议召开之前复会。
2000年1月24日至29日，特别会议于蒙特利尔复会，此前，在20日至23日于同一地点进行地区性和地区间的非正式磋商。2000年1月29日，COP根据其特别会议决议Ⅰ／3通过了生物多样性公约关于生物安全的议定书并且批准了临时安排待其生效。
中国参加了《生物安全议定书》10轮工作组会议和谈判，对议定书的通过发挥了积极作用。中国于2000年8月8日签署了《生物安全议定书》，目前正在办理申请批准手续。
在特别会议决议Ⅰ／3中，COP成立了卡塔赫纳生物安全议定书政府间委员会（ICCP），在秘书处支持下，委员会为议定书第一次成员国会议进行必要的准备，到那时委员会将结束其使命，委员会还讨论预算案供COP采纳，根据决议规定，2000年12月11日至15日，政府间委员会在法国的蒙特波利（Montpellier）召开了第一次会议。
