《中国近岸海域环境质量公报2006》由国家环境保护总局、农业部、交通部共同编写，由国家环境保护总局统一发布。
　　
　　2006年，根据国家环境保护总局《全国近岸海域环境质量监测实施方案》中确定的299个环境质量监测站位，全国近岸海域环境监测网成员单位依据不同情况和监测条件，进行了二至三期的监测，共监测站位288个，其中渤海46个测点、黄海49个测点、东海94个测点、南海99个测点，监测面积为259847平方千米。
　　
　　2006年，全国近岸海域环境监测网对587个污水日排量大于100立方米的直排海污染源和156个入海河流断面进行了污染物入海量监测。
　　
　　2006年，全国渔业生态环境监测网对渤海、黄海、东海、南海的36个重要鱼、虾、贝、藻类的产卵场、索饵场、洄游通道、自然保护区及养殖水域进行了监测。监测水域总面积1862万公顷。
　　
　　海水质量评价采用《海水水质标准》(GB3097－1997)；入海河流监测断面水质质量评价采用《地表水环境质量标准》（GB3838－2002）；海洋渔业水质评价标准采用《渔业水质标准》（GB11607－89），《渔业水质标准》中没有的项目，采用《海水水质标准》（GB3097－1997）；沉积物质量评价采用《海洋沉积物质量标准》（GB18668－2002）。
　　
　　评价方法采用单因子判别法，即某一测点海水中任一评价指标超过一类海水标准，该测点水质即为二类，超过二类海水标准，水质即为三类，依次类推。
　　
　　平均浓度和样品超标率均以样品个数为计算单元，样品超标率计算统一采用《海水水质标准》（GB3097－1997）中的二类海水标准。
　　
　　（本公报内容不包括台湾、香港、澳门的数据）