2006年，三峡工程稳步推进，主要控制目标均如期实现，在防洪、发电、航运等方面的综合效益开始全面显现。
　　
　　2006年，三峡库区社会、经济继续快速发展，按可比价格计算，地区国民生产总值比上年增长13.1%。库区产业结构继续优化，各行业生产持续增长，人民生活水平继续提高，人群健康状况基本正常。
　　
　　2006年，受全球气候变暖和大气环流异常影响，三峡库区气温异常偏高，降水量显著偏少，重庆地区遭受了百年一遇的特大干旱。全年未发生大范围、严重的暴雨洪涝灾害。
　　
　　2006年，长江“四大家鱼”鱼苗径流量有所上升，但仍处于较低水平；河口区亲蟹和凤鲚资源量均不同程度下降，鳗苗资源量有所上升；重要渔业水域水质总体良好，基本能够满足鱼类生长繁殖要求。
　　
　　2006年，三峡库区农田生态环境压力有所降低，但耕地面积和农作物总播种面积继续减少，农业生产仍以粮食作物为主。地震活动水平与上年基本持平，蓄水后微震活动增加，但仍维持低强度水平，没有突破正常状态。地质灾害监测预警工作取得成效，三期防治工程进展顺利。
　　
　　2006年，三峡库区工业污染源废水排放量为6.28亿吨，化学需氧量和氨氮排放量分别为8.11万吨和0.64万吨；城镇生活污水排放量为4.96亿吨，化学需氧量和氨氮排放量分别为10.27万吨和1.02万吨；船舶油污水产生量为47.08万吨，比上年减少5.2%，处理率为97.1%。船舶生活污水产生量约332万吨，比上年明显增加。
　　
　　2006年，三峡工程施工区和移民安置区环境质量总体良好。三峡库区长江干流水质以Ⅲ类为主，支流水质以Ⅳ类为主，与上年相比有所下降。支流多次出现“水华”现象，总体上呈现出由河流型向湖泊型演变的趋势。
　　
　　2003年，三峡水库完成135米蓄水，2006年成功实现156米蓄水。蓄水四年来，水库运行正常。同时，监测结果表明，蓄水后三峡库区水质总体良好。1996年，“长江三峡工程生态与环境监测系统”正式启动以来，监测系统结合三峡工程实际情况，对重要的生态环境因子进行了定期与不定期的监测，取得了大量的生态与环境数据。本年度公报列出了三峡库区2006年（蓄水后）和2000年（蓄水前）主要生态环境指标监测结果，从某一方面来反映蓄水前后的变化。应该指出，要全面反映三峡工程对生态环境的影响和变化，需要长时间、系列全面的数据积累、分析以及深入研究。
　　
　　三峡库区2006年（蓄水后）和2000年（蓄水前）主要生态环境指标监测结果表