1996年三峡工程进展顺利，工程第一阶段的主要工程量均达预计目标，1997年11月实现大江截流改道前的各项准备工作都在按期进行。由于工程第一阶段主要涉及的是坝区，坝区的土石方开挖、回填是1996年工程引起生态和环境问题的主要焦点。全年监测结果表明：

  移民
       库区移民安置按计划展开，到1996年三峡工程共安置移民4.23万人，仅占移民总人口的4%左右，移民工作仍繁重。
  人群健康
         库区目前己初步形成完善的卫生保健体系，尚不存在主要流行病被忽视而导致扩大流行的可能。
  水文
       三峡工程坝址1996年秋季出现较大洪水，为确保1997年11月大江截流，应加强水文水情测报。
  气候
       库区气候基本正常，较常年温度略低，降水略多，雾日偏多。7月份降水是常年同期的1.9倍，且地区分布不均。11月上旬，三峡坝区出现百年一遇的暴雨，使三峡工程建设受到一定影响。
  陆生动植物
       1996年库区森林覆盖率为27.3%。柑桔是库区种植量最大的经济植物。对陆生动植物尚无明显影响。
  水生生物
       三峡工程影响区有6种国家珍稀濒危水生生物，白暨豚、白鲟、中华鲟、长江鲟、江豚和胭脂鱼。近年来白暨豚、白鲟、江豚种群密度下降，中华鲟雌雄比例失调，胭脂鱼繁殖群体的规模逐渐变小，个体也有逐渐变小趋势。渔业功能水域水质总体良好。
  农业生态
        三峡工程对库区农业造成压力，耕地面积减少，库区土地承载力下降，种植业受水、热、地形等自然条件限制，农业生产结构将改变，同时，农业生产成本提高。开发移民坡耕地比例上升，现水库尚未形成，水土流失就比较严重，农业生态环境脆弱。
  地震
        1996年度监测到长江三峡及邻区ML=0.0～3.9级地震共173次，均为浅源性弱震，没有造成任何危害。
  库岸稳定
        1996年度崩塌、滑坡、泥石流发生的规模和造成的损失均较小，库区地质灾害防治工程已发挥了显著的工程和社会效益；
  污染排放
        1996年库区沿岸区域排放工业和生活废水总量达10.72亿吨，原重庆市占80%左右。化肥中的氯、磷污染进入库区江段的分别为12020吨/年和2261.4吨/年。机动船只的污染事故53起，主要是船舶冲洗或渗漏的含油废水造成油类污染。
  长江水质
        长江三峡库区及中下游除重庆寸滩和上海吴淞口下两断面外水质良好，均为Ⅱ～Ⅲ类水。工程施工只对施工区内干流水质略有影响，尚未对长江干流水质构成威胁。库区各城市江段普遍地形成大面积的污染带，城市生活污染和石油类污染表现突出。
  施工区环境
        施工区生产废水悬浮物普遍超三级标谁。施工区空气质量以总悬浮颗粒物污染为重，生产区明显高于生活区，生活区超过三级标谁。施工生活区噪声达到三类标准水平，交通噪声未超标。

       综上所述，1996年三峡工程尚未对自然生态产生直接影响，对库区经济和移民整体影响不大。长江水质总体保持在Ⅱ～Ⅲ类水体，生态环境基本维持原有状态。工程对生态和环境的影响目前仅局限在施工区范围，坝区施工中大量土石方开挖破坏了原有植被，造成一定范围内的水上流失，但随着植被恢复工作的加速，将会得到改善。